纵观目前市场上成型的公文流转系统，其开发模式上的差别主要体现在系统结构和开发的技术手段，系统结构主要指终端操作人员与应用服务系统的相对关系，开发的技术手段指系统的平台及其主要开发技术。
  从系统结构上来分，按照系统终端情况的不同，可将公文流转系统的开发结构分为B/S（浏览器/服务器）和C/S（客户端/服务器）两种模式，它们各具特色，是当前公文流转系统开发的主流。
    B/S模式：B/S模式的系统以服务器为核心，程序处理和数据存储基本上都在服务器端完成，用户无须安装专门的客户端软件，只要通过网络中的计算机连接服务器，使用浏览器就可以进行事务处理。B/S模式具有易于升级，便于维护，客户端使用难度低、可移植性强等特点，同时也受到灵活性差、应用模式简单等问题的制约。在早期的OA系统中，B/S模式是被广泛应用的系统模式，一些MIS、ERP系统也采取这种模式。B/S模式系统主要的应用平台有WindowsServerFamily、LotusNotes、Linux等，其采用的主要技术手段有Notes编程、ASP、J**A等，同时也使用COM+、ActiveX控件等技术。
    C/S模式：C/S模式系统以服务器作为数据处理和存储平台，在终端设计有专门的应用程序进行数据的采集和初次处理，再将数据传递到服务器端，用户必须使用客户端应用程序才能对数据进行操作。C/S模式具有专业化程度高、开发手段灵活、运行速度快等特点，但受到维护成本大、适应性弱等问题的影响。C/S模式是早期电子政务开发中主要应用的模式，同时一些专业的MIS软件也经常使用这种模式。C/S模式系统几乎可以适应任何的操作平台，开发技术也多种多样，大部分计算机语言都能开发出C/S模式的应用系统。